В самом начале столетия город вместе со всем Рязанским княжеством был присоединен к Московскому государству. Расположенный далеко к югу, населенный пункт постоянно подвергался набегам татарских племен. Именно поэтому князь Василий Третий решил построить в Зарайске большую крепость. Кремль сохранился до наших дней и является одной из главных достопримечательностей города.
Выгодное расположение, высокие стены и семь сторожевых башен позволили крепости выдержать большое количество набегов. Город подвергался набегам практически каждый год, но Кремль смог выдержать большинство осад и стал серьезным препятствием на пути кочевников.
Князья Василий Третий вложил в развитие города большое количество денег. На территории был построен новый острог и каменный храм взамен старой деревянной церкви. Постепенно город становится не только крепостью, но и центром местной торговли. На территории города были построены торговые ряды. Зарайск стал центром этого района, куда стекалась пошлина с окрестных деревень.
Также шестнадцатый век стал временем развития местных ремесел.
